L’École polytechnique s'appuie sur des conseils et des commissions, à savoir : le conseil d’administration, le comité exécutif, la commission amont et la commission aval.
Le conseil d’administration
Le conseil d’administration, dirigé par le président, est composé du directeur général, de représentants de l'État, de membres du personnel, d'étudiants, d'anciens élèves, de personnalités issues d'un établissement d'enseignement supérieur et de recherche et de cadres d'entreprises privées ou publiques.
Le comité exécutif se compose de 17 membres, dont le président, le directeur général et le directeur de l'enseignement et de la recherche. Dans le cadre de la stratégie et de la politique générale définies par le conseil d'administration, le comité exécutif est un organe piloté par le président de l’École polytechnique qui concourt à la direction de l’établissement, il se réunit de façon hebdomadaire.
La commission amont prépare les décisions du conseil d’administration relatives au concours d’admission (structure et organisation des épreuves, nomination des examinateurs, répartition des places par filières et catégories...) et se fait présenter le rapport d’exécution du concours précédent. Elle se tient informée des évolutions prévues des classes préparatoires et de l’enseignement de l’École.
La commission aval
La commission aval relève du conseil d’administration de l’École. Elle analyse les attentes des futurs employeurs des élèves - entreprises, administrations, recherche publique - et en informe le conseil d’administration. Elle émet des avis et propositions concernant les cycles de formations, l’insertion professionnelle des étudiants, ou encore la préparation à la vie en entreprise.